ファクタリングと税務署を徹底解説！税務調査の実態・正しい処理・NG行為までしっかり解説

小規模事業者や個人事業主、フリーランスの資金繰りにとって、ファクタリングは短期間で資金を確保できる手段として急速に広まっています。しかし、利用者の増加とともに、「税務署にはどう申告すればいいのか？」「税務上の扱いは借入？売買？」「経費になるのか？所得は増えるのか？」といった疑問が一気に増えているのも事実です。

とくに近年は、国税庁がファクタリング取引に関する事例を明確化しつつあり、税務調査でもファクタリング利用の記録が確認されるケースが多くなっています。税務署のチェックからは逃れられないのです。

つまり、ファクタリングは資金調達の選択肢としては有用でありながら、税務上の理解を誤ると「ペナルティの対象」になりうるということです。

本記事では、ファクタリング利用者がもっとも誤解しやすい税務署への申告ポイント、経理処理、税務調査で見られやすい点、節税上の注意点などを、徹底解説します。

税務署の税務調査は必ず入られるわけではない・・・しかし！

そもそも税務調査は毎年税務署が行うわけではありません。公的なデータはありませんが、法人の場合約2％、個人事業主の場合1％弱（0.数％）だと言われています。

つまり、50年営業していても税務署の税務調査に入られない可能性もあります。

しかし、開業後3年～5年経過すれば、いつ税務署による税務調査が入ってもおかしくないとも言われています。税務調査を避けることはできません。例え1％でもそれがみなさまの事業所になる可能性はゼロではなく、その際にいい加減な会計、いい加減な確定申告を行っていれば容赦なく追徴課税が課されます。

悪質だと判断されれば、重加算税などのペナルティや刑事罰が科される可能性もあり、開業初年度からしっかりした会計処理を行わなければなりません。

ファクタリングの会計処理は税務署のチェックで狙われやすいものでもあり、いつ税務調査に入られても大丈夫なようにしっかり説明していきます。

ファクタリングの基本構造と税務上なぜ問題になりやすいのか

ファクタリングは「売掛金をファクタリング会社に売却し、早期に資金化するサービス」です。銀行融資とは異なり、あくまで「売掛債権（売掛金）の売却」であるため、利用者には「返済義務」はありません。

ファクタリングは「アセットファイナンス」であり、負債として貸借対照表に掲載しなければならない「デットファイナンス」ではありません。税務署チェックでは当然負債は確実に精査されます。

では、なぜ税務署との関係で問題が生じるのでしょうか？

理由は以下の3点です。

売掛債権（売掛金）の早期現金化により、売上計上時期がズレる可能性がある

売掛債権（売掛金）を売却したからといって、売上の計上タイミングは変わりません（発生主義なので売り上げた日が収入）。

しかし、売掛金を譲渡した日と売上発生日が税務署の認識とズレると、「計上漏れ」「売上隠し」のリスクが発生します。

買取手数料の扱いを誤ると、経費が否認される可能性がある

ファクタリング手数料は「支払手数料」または「売掛債権（売掛金）売却損」などの勘定科目として計上し、簿記でも仕訳する必要があります。
しかし、少なくない事業者が「借入の利息のようなものだろう」と誤って「支払利息」で処理し、税務調査で修正を求められるケースがあります。

2社間ファクタリングは「売掛金の二重譲渡」が発生しやすく、税務署が注目している

2社間ファクタリングは取引先へ通知しないため、資金繰りに困った企業が「売掛債権（売掛金）の架空計上」や「二重譲渡」を行ってしまう事例も過去にありました。そうしたポイントを税務署は狙ってくるかもしれません。

税務署はファクタリング利用履歴を注意深く確認しています。

税務署がファクタリング取引で注目する4つのポイント

税務署はファクタリング利用者（事業主様）に対して、以下の4点を重点的にチェックすると言われています。

売掛金の計上漏れがないか

売掛金をファクタリング会社に譲渡したからといって、売上計上が遅れることは許されません。

「売掛金」発生時：売上として計上
ファクタリング実行時：「売掛金」の売却処理

このルールを守らないと、「売上の一部を隠した」と判断され、追徴課税・重加算税の対象となる可能性があります。

譲渡金額（買取金額）と手数料を正しく記録しているか

ファクタリング手数料は100％経費扱いできますが、処理方法を間違えると税務署から否認の対象になりえます。

適切な勘定科目を使っての経費、損金計上が重要になります。

提出書類（契約書・振込記録・請求書）が整備されているか

税務署が最も重視するのは「帳簿の整合性」です。税務調査の際には以下の書類も「見せてほしい」と言われる可能性があります。

・ファクタリング契約書
・売掛債権（売掛金）の元となる請求書
・入金・出金の銀行履歴（通帳記録）
・売掛先との取引実態を示す資料（メールやチャットのやり取り等）

これらが欠けていると「実態の不明確な資金調達」と判断され、税務署の調査が長期化する可能性もあります。

架空売掛金・二重譲渡の疑いがないか

税務署がもっとも警戒しているのはこの部分です。請求書の偽造、架空の売上、所得隠し等が発覚すれば重大なペナルティとなります。

資金難が続く事業者が、

・売掛債権（売掛金）の架空計上
・売掛金の二重譲渡
・入金期日のずれを利用した売上隠し

を行う例が増えており、ファクタリング利用＝グレーという印象を税務署から持たれる（持っている税務署職員がいる）こともあります。

当然ながら、正しく利用している事業者には問題ありませんが、税務署によっては「ファクタリング＝危険性のある資金調達」としてチェックを強めていることは知っておく必要があります。

ファクタリング手数料の税務処理を徹底解説（個人事業主・法人共通）

ここでは、もっとも質問の多い「手数料は経費？」「仕訳は？」というテーマを深掘りします。

ファクタリング手数料は100%損金（経費）になる

ファクタリングは借入ではなく「債権売却」であり、手数料は「売上債権売却損」や「支払手数料」を使います。

【代表的な仕訳】

売掛金100万円を90万円で売却
手数料＝10万円とする場合

この「売掛金売却損」は全額経費扱いになり、節税上も非常に有利な処理です。

【注意点】借入金の利息として処理すると税務上NG

多くの事業者がやってしまう誤りが「ファクタリング手数料」 → 利息と同じ扱いで「支払利息」として処理してしまうことです。ファクタリングは「アセットファイナンス」なので、融資の「デットファイナンス」ではなく、利息は発生しないのです。

これは税務署が経費として否認する可能性が高い誤りです。経費として税務署に否認されれば、「売上－経費＝所得」が増えて税額も増え、追徴課税となります。

税務署の調査で聞かれやすい質問と対処法

税務署の税務調査でファクタリングに関して必ず聞かれる質問をまとめます。

この売掛金は実在しますか？

目的：架空売掛金の摘発
→ 請求書・納品書・取引記録・メールなどの実態証明が必要です。

なぜこのタイミングで売掛金を売却したのですか？

目的：資金繰りの悪化による粉飾・売上隠しの調査
→ 回答例
「支払期限が迫っていたため」「急な仕入れが必要だった」など納得できる説明をしましょう。

手数料の根拠は？高すぎませんか？

目的：不正な支払い・損金算入の否認、意図的に手数料を高くして経費を増やすことをチェックする。
→ 対策
ファクタリング会社の見積書、メール履歴が重要。あくまでそのファクタリング会社が提示した手数料だと主張できる客観的根拠が必要。

売掛先からの入金はファクタリング会社に支払っていますか？

目的：二重譲渡の有無の確認
→ 振込記録（通帳）が必須。

2社間ファクタリングと3社間ファクタリングで税務処理はどう変わるか？

2社間ファクタリングと3社間ファクタリングで税務処理（会計処理）は変わります。

代表的な仕訳を紹介します。

2社間ファクタリングの仕訳

税込み11,000円売り上げた

ファクタリング契約した

ファクタリングで買い取ってもらった

売掛債権（売掛金）を回収した

ファクタリング会社に返済した

税務面では、売掛金は譲渡時に消える、手数料を売却損として計上する。この部分は3社間ファクタリングも同じですが、「売掛先との整合性（入金の流れ）」を税務署が強く確認します。

ファクタリング会社から振り込まれた売掛金は、あくまで「預り金」であり、実際の権利はファクタリング会社に移っています。ここで数字をごまかして懐に入れていないかなど、いくらでも売上や入金を操作できる余地が生まれてしまうのです。

税務署は3社間ファクタリングよりも2社間ファクタリングを念入りにチェックします（二重譲渡や架空計上が容易なので）。

3社間ファクタリングの仕訳

3社間ファクタリングは、売掛先も承認する形式（債権譲渡通知あり）を採用しているのが特徴です。手数料が比較的安く、取引の透明性も高いため、税務署によるチェックも軽く済む傾向があります。

税務署側としても、売掛先から直接ファクタリング会社に入金されるので、不正の余地が少ないと判断されるため、書類確認や審査がスムーズに進むのが大きなメリットです。

個人事業主がファクタリングを使うと税務署から見られやすい理由

個人事業主のファクタリングは近年とくに増えており、税務署の注目度も高まっています。

なぜなら、以下の理由があるからです。
① 現金ベースの取引が多く、帳簿の整合性が崩れやすいため、税務署が取引内容を厳格に確認する必要がある。

② 売掛金の管理が雑になりがちで、計上漏れのリスクが高いため、正確な帳簿記録が求められる。

③ 資金繰りが逼迫した状況で利用されることが多いため、架空売上の可能性が疑われ、税務署はその実態を徹底的に調査することになる。
個人事業主ほど、税務署は「取引実態」を細かく確認し、不正の可能性を徹底的にチェックします。

税務署への正しい申告方法（節税にもつながるポイント）

税務署に怪しまれないためにファクタリング利用者ができることを考えていきます。

意図的に赤字を作るために利用したと判断されれば、税務署から否認される可能性があります。

ファクタリングの手数料は損金として計上できるため利益を圧縮する効果がありますが、税務署は「売掛金の換金が事業継続のために本当に必要だったか」「手数料が相場とかけ離れていないか」「資金の使途が事業に関連しているか」を重点的に確認します。正当な資金繰りを目的とした利用であれば問題視されません。
そのため、以下のポイントを押さえておくことが重要です。

まず、①ファクタリング契約書は必ず保管しておくことが必要で、これは税務署が最も注目する書類です。次に、②売掛金の売却と売上計上を明確に分けて記録することが欠かせません。

これが曖昧だと「売上隠し」と判断されるリスクが高まります。また、③ファクタリング手数料は漏れなく損金に算入することで大きな節税効果が得られます。さらに、④振込履歴（通帳コピー）を毎月分ごとに整理し、税務署から求められた際にすぐ提出できる状態にしておくことが望まれます。
これらを徹底しておくことで、ファクタリング利用に関する税務リスクを避けつつ、適正な範囲で節税効果を得ることができます。

ファクタリングと税務署を正しく理解すればリスクを減らせる！

ファクタリングは資金調達手段として非常に有用であり、税務面でも正しく処理していれば何も問題ありません。

しかし、税務署は何か落ち度がないか税務調査に入る場合、狙ってきます。

ファクタリングを利用する事業主様は、計上漏れや書類不備、架空売掛金、さらには二重譲渡といった不正行為を警戒する必要があります。これらのリスクを避けるためには、正しい知識を持って対応することが重要です。

ポイントは、「売掛金は売上、ファクタリングは売却」という基本ルールを守ることです。このルールをしっかりと守っていれば、万が一税務署の調査を受けた際にも、堂々と説明できる準備が整います。

ファクタリング手数料は経費（損金）にできますのでご安心ください。

融資のようなデットファイナンスではないので、うしろめたさを持つ必要もありません。

ファクタリングを効率的にご利用ください。

何卒宜しくお願い致します。